Mitglieder sind die lokalen Kirchen. Die SPM folgt dem Autonomie-, Solidaritäts- und Subsidiaritätsprinzip. Als oberstes Organ entscheidet die Generalversammlung SPM, welche einmal jährlich zusammenkommt, über wichtige Angelegenheiten des Verbandes.
Die Leiterkonferenz SPM setzt sich aus allen ordinierten Pastoren, den Missionaren und Missionarinnen und allen eingesetzten Pastoralassistentinnen und Pastoralassistenten zusammen. Sie wird zweimal jährlich durch den Vorstand einberufen.
Der Vorstand SPM als ausführendes Organ besteht aus dem Präsidenten, dem Missionsleiter und den Verantwortlichen der 7 SPM-Regionen. In diesen Regionen sind die einzelnen Mitgliedsgemeinden zusammengeschlossen.
